Daniel Ruiz-Molina es va doctorar en Química amb una tesi sobre dendrímers poliradicals a l'Institut de Ciència de Materials de Barcelona (ICMAB-CSIC) sota la tutoria del prof. Jaume Veciana. Posteriorment, va obtenir una posició postdoctoral a la University of California San Diego (EUA), on va passar tres anys treballant en imants de molècula única i commutadors moleculars.

Des del 2001 ocupa una posició permanent com a investigador del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), actualment a l'ICN2, on és el líder del grup Materials funcionals nanoestructurats. Les seves principals àrees de recerca inclouen la fabricació de col·loides i superfícies híbrides, nanoestructures funcionals bioinspirades, i micro- o nanopartícules per a aplicacions intel·ligents i sistemes d'encapsulació i alliberament.