El prof. Pablo Ordejón es va llicenciar en física (1987) i va obtenir el doctorat en ciències (1992) a la Universidad Autónoma de Madrid. Va treballar com a investigador postdoctoral a la University of Illinois at Urbana-Champaign (EUA) de 1992 a 1995 i com a professor ajudant a la Universidad de Oviedo de 1995 a 1999. El 1999 va obtenir una plaça de personal investigador a l'Institut de Ciència de Materials de Barcelona del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC). El 2007 es va incorporar a l'antic CIN2 (ara ICN2) com a líder del grup Teoria i simulació, on és actualment professor d'investigació del CSIC. Des del juliol de 2012 exerceix com a director de l'ICN2.
Ha publicat més de 250 articles científics, que acumulen més de 54.000 citacions (amb un índex h de 73). Ha exercit de coeditor de la revista EPL (anteriorment Europhysics Letters) i membre dels consells editorials de les revistes Nanomaterials i Physica Status Solidi.
Va supervisar l'àrea temàtica de Física de la Matèria Condensada del Panell de Física de l'Agencia Nacional de Evaluación y Prospectiva (ANEP) de 2003 a 2006, i va ser responsable del Panell de Física i Enginyeria del Comitè d'Accés a la Xarxa Espanyola de Supercomputació de 2005 a 2011. Va ser nomenat fellow de l'American Physical Society el 2005, i va rebre la medalla Narcís Monturiol del Govern de la Generalitat de Catalunya el 2018.
La seva recerca se centra en el desenvolupament de mètodes eficients per al càlcul d'estructura electrònica en sistemes grans i complexos, amb contribucions al desenvolupament de tècniques per a simulacions atomístiques a gran escala basades en mètodes de primers principis com ara SIESTA. També ha participat en l'estudi de les propietats fonamentals dels materials a escala atomística. Els seus interessos actuals inclouen el transport electrònic en nanodispositius i els processos electrònics en superfícies i materials 2D, entre molts altres. Manté col·laboracions freqüents amb laboratoris industrials en la simulació de processos de materials a escala atòmica. És cofundador de l'empresa spinoff SIMUNE.