El prof. Pablo Ordejón se licenció en física (1987) y obtuvo su doctorado en ciencias (1992) en la Universidad Autónoma de Madrid. Trabajó como investigador posdoctoral en la University of Illinois at Urbana-Champaign (EE. UU.) de 1992 a 1995 y como profesor ayudante en la Universidad de Oviedo de 1995 a 1999. En 1999, obtuvo una plaza en el personal investigador del Institut de Ciència de Materials de Barcelona del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC). En 2007 se incorporó al antiguo CIN2 (actualmente ICN2) como líder del grupo Teoría y simulación, donde actualmente es profesor de investigación del CSIC. Desde julio de 2012 ejerce como director de ICN2.
Ha publicado más de 250 artículos científicos, que acumulan más de 54.000 citas (con un índice h de 73). Ha ejercido como coeditor de la revista EPL (anteriormente Europhysics Letters) y miembro de los consejos editoriales de las revistas Nanomaterials y Physica Status Solidi.
Supervisó el área temática de Física de la Materia Condensada del Panel de Física de la Agencia Nacional de Evaluación y Prospectiva (ANEP) de 2003 a 2006, y fue responsable del Panel de Física e Ingeniería del Comité de Acceso a la Red Española de Supercomputación de 2005 a 2011. En 2005 fue nombrado fellow de la American Physical Society y en 2018 recibió la medalla Narcís Monturiol del Gobierno de Cataluña.
Su investigación se centra en el desarrollo de métodos eficientes para el cálculo de la estructura electrónica en sistemas grandes y complejos, con contribuciones al desarrollo de técnicas para simulaciones atomísticas a gran escala basadas en métodos de primeros principios como SIESTA. También ha participado en el estudio de las propiedades fundamentales de los materiales a nivel atomístico. Entre sus intereses actuales se encuentran el transporte electrónico en nanodispositivos y los procesos electrónicos en superficies y materiales 2D, entre muchos otros. Mantiene colaboraciones frecuentes con laboratorios industriales en la simulación de procesos de materiales a escala atómica. Es cofundador de la empresa spinoff SIMUNE.