Daniel Ruiz-Molina obtuvo su doctorado en Química con una tesis sobre dendrímeros polirradicales en el Institut de Ciència de Materials de Barcelona (ICMAB-CSIC) bajo la tutela del Prof. Jaume Veciana. Posteriormente, obtuvo una plaza posdoctoral en la University of California San Diego (EE. UU.), donde pasó tres años trabajando en imanes de molécula única y conmutadores moleculares.

Desde 2001 ocupa una plaza permanente como investigador del Consejo Superior de Investigaciones Científicas, actualmente en ICN2, donde es el líder del grupo de Materiales Funcionales Nanoestructurados. Sus principales áreas de investigación incluyen la fabricación de coloides híbridos y superficies, nanoestructuras funcionales biomiméticas, y micro- o nanopartículas para aplicaciones inteligentes y sistemas de encapsulación y liberación.